Faktury wystawione w KSEF są przechowywane w systemie teleinformatycznym przez okres 10 lat, licząc od końca roku w którym zostały wystawione. (Art. 112aa ustawy o VAT)
Nie ma obowiązku drukowania faktur z KSEF, ponieważ stanowią one tylko wizualizację. Oryginałem faktury jest plik XML, który należy pobrać do własnej ewidencji księgowej. System księgowy powinien zapewnić dostępność oraz weryfikację takiej faktury.
Przedsiębiorca może oczywiście dobrowolnie drukować faktury, ale przepisy prawa nie nakładają na niego takiego obowiązku.